shiny包的使用

shiny作为Rstudio中一个非常重要的包，对于构建交互式的网页非常方便。一般由shiny构筑的网页，由两个文件构成:ui.R和server.R，下面分别对两者的组件进行介绍。 在运行程序的时候，需要将ui.R和server.R放入同一个文件夹之中

ui里面的一些组件

ui输入

ui.R一般的框架

library(shiny)
shinyUI(fluidPage(
    # 标题
    titlePanel("title name"),
    # 边栏
    sidebarPanel(
    #选择块
        selectInput("dataset","choose a dataset",choices=c("A","B"))
    )

    #主栏
    mainPanel()
))

selectInput

selectInput提供下拉菜单的选择，输入格式：

selectInput("data","choose",choices=c("A","B"))

data是用于储存变量的名称（可以在server.R中以input$data调用），choose是输入说明，choices给出下拉变量的选择

numericInput

顾名思义，numericInput是用来输入数值类型数据，其输入格式： numericInput("num","type a number",10)

其中num是用于储存变量的名称（可以再server.R中以input$num调用），type a number是说明信息，10是输入的数据

checkboxInput勾选组件

有时候，我们可以选择某些图形是否出现，可以通过勾选是否要这个内容来实现，所以这个输入的变量只会出现TRUE或者FALSE，也就是说这个变量是bool型变量

checkboxInput("out","Output",FALSE)

其中out是用来储存bool型变量，Output是对变量进行的说明，FALSE是取值

checkboxGroupInput多勾选组件

有时候我们需要对内容进行多选，这样就需要多项选择

checkboxGroupInput("cities","choose Cities",cities)

这样子就可以实现多项选择了

sliderInput定制化滑动条

通过滑动滑动条来选择数据，是一件非常酷炫的事情，下面给出一个例子

sliderInput("integer","Integer:",
            min=0,max=1000,value=500,step=1)

其中integer用来储存变量，Interger:是说明，min代表着滑动条的最小值，max代表着滑动条的最大值，value代表着滑动条初始值，step代表着滑动条的间隔

若需要输入区间范围，可以增加两个变量，例如

sliderInput("range","Range:",
        min=0,max=1000,value=c(200,500))

其中range用来储存变量，只不过此时的变量变成了一个vector

radioButtons选项卡

我们常常会给出一些选项来，还是直接举例子：

radioButtons("dist","Distribution type:",
    list("Norm"="norm",
            "Uniform"="unif",
            "Log-normal"="lnorm",
            "Exponential"="exp"
        )
),
br(),

其中dist依旧是用于储存变量，Distribution依旧是对变量的说明，而list中，左端代表着展现出来选项，等号右边是选项对应的值，当然在server.R中调用也需要用reactive来动态调用

helpText插件说明

对于某些插件的功能，我们可能需要对其进行说明，最简单的方式就是在插件下方使用helpText

submitButton提交按钮

对于结果展现，我们并不希望其实时进行更新，而是通过我们的提交来实现结果的刷新，直接在底下增加submitButton，使用如下面的：

submitButton("Update View")

界面的选择tabsetPanel

有时候，将所有的内容放入一个界面之中，会显得非常杂乱无章，所以为了将内容分开，需要在使用tabsetPanel

tabsetPanel(
    tabPanel("plot",plotOutput("plot")),
    tabPanel("summary",verbatimTextOutput("summary")),
    tabPanel("Table",tableOutput("table"))
)

ui中的输出

由于ui中的输出需要与server中的程序对应，所以这里需要将两个程序中的组件一起写出来

summary格式的输出

server.R中需要调用renderPrint：

output$summary<-renderPrint({
    #内容
    summary()
})

ui.R中需要调用verbatimTextOutput:

verbatimTextOutput("summary")

Table格式的输出

server.R中需要调用renderTable：

output$view<-renderTable({
    #内容 data.frame

})

ui.R中需要调用tableOutput:

tableOutput("view")

字符串的输出

server.R则调用renderText来输出

ui.R对于字符串的输出，可以用h1、h2和h3等来调节字体的大小，例如：

h3(textOutput("caption"))

图片输出

server.R则调用renderPlot来输出

ui.R对于图片输出，使用plotOutput即可

plotOutput("graph")

server里面的一些组件

server.R一般框架

library(shiny)
shinyServer(function(input,output){
    #内容
})

动态输入reactive

在ui.R中传递过来的参数，只是一个字符串，如何获取将这个字符串所代表的数据集，我们需要用到reactive函数：

datasetInput<-reactive({
    switch(input$dataset,
            "rock" = rock,
            "pressure" = pressure,
            "cars" = cars
    )
})

其中input$dataset代表着从ui.R中传递过来的参数，但是它仅仅只是一个字符串，所以需要用switch函数将数据转化对应的数据集，之后调用的时候，使用datasetInput()即可

程序调试

代码在某个地方无条件地停止执行：

browser()

在特定的条件下停止执行代码：

# Stop execution when the user selects "am"
browser(expr = identical(input$variable, "am"))

设置R的error选项，使得当错误发生的时候，自动进入调试浏览器：

# Immediately enter the browser when an error occurs
options(error = browser)

使用recover函数为错误处理器

# Call the recover function when an error occurs
options(error = recover)

文件相关

上传文件

一般情况下，shiny上传的每个文件最大不超过5MB，可以通过修改shiny.maxRequestSize，在server.R中增加以下命令： options(shiny.maxRequestSize=30*1024^2)即可将文件大小限制提高到30MB

在ui.R中需要用fileInput来调用文件

fileInput('file1','choose CSV File',
        accept=c('text/csv','.csv'))
tags$hr()

其中file1用来储存文件，choose CSV File是对输入的说明，accept是对于文件类型的选择

在server.R中需要通过以下代码进行调用：

inFile<-input$file1
if(is.null(inFile))
    return(NULL)

read.csv(inFile$datapath)

可以看出其调用使用的文件的路径，并不是真的把文件储存在变量之中

下载文件

有时候会有上传文件的需求，我们查看的数据需要下载

在ui.R中需要用到downloadButton函数来下载需要的数据

downloadButton('downloadData','Download')

对上述的表达式进行说明，其中downloadData代表着储存数据的变量，Download是下载按钮上的说明

在server.R中需要将数据写入，需要用到downloadHandler

output$downloadData <- downloadHandler(
    filename=function(){
        paste(input$dataset,'.csv',sep='')
    }
    content = function(file){
        write.csv(datasetInput(),file)
    }
)

主要需要定义，文件的的名字filename，文件的内容content

动态网页的实现

conditionalPanel条件刷新

当动态输入的变量来自于input变量

checkboxInput("smooth","Smooth"),
conditionalPanel(
    condition = "input.smooth == true"
    selectInput("smoothMethod","Method",
        list("lm","glm","gam","loess","rlm"))
)

根据你是否选择smooth来判断是否出现下面的内容，一旦勾选了smooth，下面就会出现让你选择smooth的方法

如果动态输入的变量来自于output变量

在ui.R中，如下面的内容：

# Partial example
selectInput("dataset", "Dataset",   c("diamonds", "rock", "pressure", "cars")),
conditionalPanel(
condition = "output.nrows", 
checkboxInput("headonly", "Only use first 1000 rows"))

在server.R，如下内容：

# Partial example
datasetInput <- reactive({
switch(input$dataset,
      "rock" = rock,
      "pressure" = pressure,
      "cars" = cars)
})

output$nrows <- reactive({
    nrow(datasetInput())
})

在server.R中需要将输出的变量设置为动态的，也就是说用reactive函数对其进行封装

动态刷新renderUI

renderUI使用与renderTable,renderPrint的使用方法差不多，在server.R中使用renderUI，而在ui.R中使用uiOutput，对server.R计算结果进行展示，下面编写代码，进行说明：

在ui.R中编辑如下代码：

library(shiny)

shinyUI(fluidPage(
headerPanel("Test"),

sidebarPanel(
# Partial example
numericInput("lat", "Latitude",10),
numericInput("long", "Longitude",10),
uiOutput("cityControls"))
))

在server.R中编辑如下代码：

library(shiny)
shinyServer(function(input,output){
# Partial example
output$cityControls <- renderUI({
cities <- c(input$lat:input$long)
checkboxGroupInput("cities", "Choose Cities", cities)
})
})

上面代码对于结果呈现已经说得很清楚了，调试一下代码就可以了

javascript增加动态

需要使用组件Shiny.unbindAll()和Shiny.bindAll()

shiny高级使用技巧

对于global.R和局部的理解

如果没有设置全局变量的话，当用户每一次对ui.R和server.R访问时，都会重新加载变量，重新生成网页，对于全局变量，最好的方式是在global.R中设置，这样子并不需要用户每一访问，都重新加载，既占用内存，又消耗了时间

对于非全局代码的调用

source('yourcode.R',local=TRUE)

shiny server设置

使用shiny server的好处

详细的shiny-server教程参见shiny-server

安装配置(shiny server)

系统: centos 7.0

安装R命令： sudo yum install R

安装shiny package：``

安装shiny server：通过wget来下载安装文件：

wget https://download3.rstudio.org/centos5.9/x86_64/shiny-server-1.4.2.786-rh5-x86_64.rpm

然后用一下命令直接安装：

sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.4.2.786-rh5-x86_64.rpm

启动shiny server

启动shiny server：sudo systemctl start shiny-server

结束shiny server：sudo systemctl stop shiny-server

观察shiny server的状态：sudo systemtcl status shiny-server

设置shiny server自动运行\不自动运行：sudo systemctl enable\disable shiny-server

server配置

命令打开vi /etc/shiny-server/shiny-server.conf

server默认为HTTP server，监听的接口（port/IP）通过下面的定义：

server{
    listen 80;
}

通过定义虚拟接口，可以隐藏监听接口

server{
    listen 80;
    server_name server1.com;
}

需要赋予shiny用户root权限

运行自己的服务

在运行了其中默认的配置

sudo /opt/shiny-server/bin/deploy-example user-dirs

运行下面的命令

mkdir ~/ShinyApps

拷贝文件夹指令：scp/cp -r

只需要将文件复制到目录下~/ShinyApps，然后通过下面的地址来访问shiny形成的网页

http://<server-address>:3838/<your_username>/yourfile

server小提示